Flye est un outil bioinformatique spécialisé dans l'assemblage de génomes à partir de lectures de séquençage de molécules uniques, comme celles produites par les technologies PacBio et Oxford Nanopore. Il prend en entrée des données brutes et génère des contigs polissés, adaptés aussi bien à des projets bactériens qu'à des assemblages à grande échelle comme ceux des mammifères. Il inclut également un mode dédié à l'assemblage de métagénomes.