DemoSEQ
DemoSEQ est un ensemble d'outils en Python 2.7 permettant de calculer des statistiques de résumé pour des données de séquençage de génomes entiers. Ces statistiques peuvent être utilisées pour inférer l'histoire démographique de populations à partir de ces données. Le projet contient des scripts pour calculer des statistiques telles que l'hétérozygotie attendue, la D de Tajima, la proportion de sites segregants, la diversité haplotypique moyenne sur 50 kb, le spectre de fréquence des sites, la liaison déséquilibrée et la longueur des tracts identiques par état.
Cas d'utilisation métiers
- Simule des données de séquençage de génomes entiers pour tester les algorithmes : rechercher des initiatives proches
- Calcule des statistiques de résumé pour les données de séquençage de génomes entiers : rechercher des initiatives proches
- Infère l'histoire démographique à partir de données de séquençage de génomes entiers en utilisant des statistiques de résumé : rechercher des initiatives proches
Organisation
- Institut national de recherche en informatique et en automatique (organisation rattachée)
Description générée le mardi 19 mars 2024 à 15:14:57