WaterShed 3D est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images Icy, développé par des membres ou anciens membres de l'unité BioImage Analysis de l'Institut Pasteur. Ce plugin met en œuvre l'algorithme du watershed seeded et peut être utilisé pour la segmentation de taches sur des images 3D où les centres des taches sont très lumineux, ou en combinaison avec une carte de distance pour séparer les objets qui se touchent.