HCAP est un programme en ligne de commande écrit en Java permettant de recadrer les lectures de séquençage à haut débit en observant une composition homogène des bases sur l'ensemble des positions. Bien que cette étape de prétraitement ne soit généralement pas requise, HCAP a été développé pour gérer les compositions inattendument biaisées qui peuvent être parfois observées aux extrémités 5' et/ou 3' (voir par exemple ici).