IPANEMAP est un logiciel d'analyse de la structure et de la réactivité de l'ARN qui permet de prédire les structures secondaires stables compatibles avec plusieurs profils de réactivité de sondage chimique (SHAPE, DMS, enzymatique...). Il prend en entrée une ou plusieurs séquences d'ARN et plusieurs profils de réactivité, et génère en sortie une ou plusieurs structures secondaires, correspondant aux conformères les mieux soutenus par les données expérimentales et la thermodynamique.