LINtree est un outil en ligne de commande écrit en Java pour inférer des arbres prefixes avec des longueurs de branche à partir de jeux de codes LIN (Marakeby et al. 2014; Vinatzer et al. 2017; Tian et al. 2020). Ces arbres LIN-basés sont très utiles pour refléter les relations (phylogénétiques) parmi les génomes encodés.