CroCo est un programme qui détecte les événements de contamination croisée dans les transcriptomes assemblés en utilisant les données de séquençage pour déterminer l'origine réelle de chaque transcrit. Cette approche détermine d'abord un sous-ensemble de transcrits suspectés d'être similaires entre les échantillons en utilisant une procédure BLAST en paires. CroCo combine ensuite tous les transcriptomes en un métatranscriptome et quantifie le niveau d'expression de tous les transcrits successivement en utilisant les données de lecture de chaque échantillon, tout en autorisant les mappages multiples des lectures.