COVflow est un pipeline bioinformatique dédié à l'analyse phylogénétique et phylodynamique des séquences génomiques du SARS-CoV-2. Il permet de filtrer, aligner et masquer les sites des données génomiques, de construire et d'évaluer des arbres phylogénétiques, puis de générer des fichiers XML prêts à l'emploi pour des analyses phylodynamiques avancées avec BEAST2. L'outil facilite l'étude de la dynamique de transmission du virus et l'estimation de paramètres épidémiologiques clés.