MindTheGap est un outil développé par l'équipe Genscale de l'INRIA qui permet la détection et l'assemblage d'insertions variantes dans des jeux de données NGS par rapport à un génome de référence. Il est conçu pour détecter des insertions de toutes tailles, qu'elles soient nouvelles ou dupliquées, homozygotes ou hétérozygotes dans le génome donneur. Il prend en entrée un ensemble de lectures et un génome de référence et produit en sortie deux ensembles de séquences FASTA : l'un est l'ensemble des points de rupture des sites d'insertion détectés, l'autre est l'ensemble des séquences assemblées pour chaque point de rupture.