Root-CyNAPS est un modèle 3D de simulation fonctionnelle et structurelle des racines végétales. Il permet d'étudier les processus liés au transport et au métabolisme de l'azote, ainsi que le transport de l'eau dans les racines. Le logiciel prend en compte des paramètres comme la température du sol, les surfaces d'échange et la masse structurale des segments racinaires. Il simule les flux hétérogènes à l'échelle du système racinaire en intégrant des données d'architecture racinaire, de coûts de croissance et de concentrations en hexoses labiles.