bacteria-drug-uv-analysis
Ce projet permet d'analyser la concentration de drogues dans des bactéries à partir d'images obtenues par microscopie à fluorescence. Il suit la méthode décrite par Julia et al. dans l'article « Spectrofluorimetric quantification of antibiotic drug concentration in bacterial cells for the characterization of translocation across bacterial membranes » publié dans Nature Methods en 2018. Le projet permet de traiter les images (enregistrement et segmentation des bactéries) et de stocker les données dans un fichier HDF. Un visualiseur utilisant des widgets Jupyter est ensuite utilisé pour analyser les données.
Dépôt de code
Cas d'utilisation métiers
Cas d'utilisation fonctionnels
Organisation
- Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Espace (organisation rattachée)
Outils utilisés
- scikit-image : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- NumPy : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Microsoft Excel : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- IPython : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- Pandas : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
- SciPy : voir les initiatives de ses organisations qui l'ont aussi
Description générée le dimanche 17 mars 2024 à 23:36:38
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