ASSU est un outil en ligne de commande écrit en Bash permettant de réaliser l'assemblage de référence-guidé de segments SSU 16S à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) de génomes bactériens ou archéens. Cet outil a été développé pour compenser l'échec de plusieurs programmes _de novo_ d'assemblage à assembler des segments non fragmentés de SSU lorsque le génome séquencé contient différentes copies de 16S rRNA avec des séquences variables, en particulier lors de l'utilisation de courtes données HTS.