EPeak est un workflow snakemake-based pour l'analyse de données ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag à partir de fichiers FASTQ bruts. Il permet de streamliner des étapes critiques telles que l'évaluation de la qualité de l'immunoprécipitation à l'aide de la corrélation croisée et la comparaison des réplicats pour les pics étroits et larges. Pour l'analyse différentielle, ePeak fournit des méthodes linéaires et non linéaires pour la normalisation entre échantillons ainsi que des modèles conservateurs et stricts pour l'estimation de la variance et le test de la significativité des différences observées.