DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.