PanREPET est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser les éléments transposables (TEs) dans des génomes assemblés de manière *de novo*. Il compare les copies de TEs entre plusieurs génomes d'une même espèce afin d'identifier les insertions partagées par un groupe d'individus. Cette approche permet d'accéder aux contextes génomiques exacts des TEs et à leurs séquences, évitant ainsi les biais liés à l'utilisation d'un génome de référence unique. Les résultats sont organisés en compartiments pangénomiques (core, dispensable, écogénome) pour étudier leur rôle dans l'adaptation des espèces à leur environnement.