SimiPlot est un programme en ligne de commande écrit en Bash permettant de créer des figures SVG représentant la similarité globale de un ou plusieurs génomes par rapport à un génome de référence. SimiPlot est similaire à SimPlot et SimPlot++ mais offre l'avantage d'être plus rapide, de ne pas nécessiter d'alignement préalable et de proposer des représentations alternatives de la similarité.