Splitfastq est un outil en ligne de commande conçu pour fragmenter des fichiers FASTQ, utilisés en génomique pour stocker des séquences d'ADN. Il permet de diviser ces fichiers en sous-ensembles de données, facilitant ainsi leur traitement parallèle par des logiciels comme bwa. L'outil est particulièrement utile pour accélérer les analyses de séquençage en répartissant la charge de calcul sur plusieurs processus.