CGprofiler est un logiciel spécialisé dans l'analyse génomique des bactéries par la méthode cgMLST (Core Genome Multilocus Sequence Typing). Il permet d'identifier et de comparer les allèles du génome central d'une souche bactérienne par rapport à une base de données de référence. Le logiciel automatise l'appel des allèles officiels et détecte les nouveaux allèles non répertoriés, facilitant ainsi le suivi épidémiologique et la recherche en microbiologie.