Le projet HSMM-INCA développe des outils méthodologiques avancés pour l'inférence et le contrôle dans les modèles semi-markoviens cachés (HSMM). Ces travaux sont appliqués à des domaines comme l'écologie et la médecine. Le projet propose des algorithmes d'estimation, des simulations, des mesures de fiabilité, ainsi que des méthodes numériques pour résoudre des problèmes de contrôle optimal. Plusieurs logiciels open source sont publiés pour faciliter la recherche et l'application de ces modèles.