Yapotu est un ensemble de programmes écrits en python, numpy, matplotlib, panda et scikit-learn, regroupés en trois couches (yap_classes, yap_lib et yapsh) pour construire, analyser et visualiser des OTUs dans des échantillons de séquences. Il peut gérer des jeux de données importants et propose une interface utilisateur conviviale pour accéder aux fonctionnalités sans nécessairement connaître l'API python.