Le projet mlflow-extra fournit des commandes complémentaires pour l'interface de ligne de commande mlflow, offrant des fonctionnalités telles que le filtrage de runs dans une expérience basé sur des valeurs seuils de métriques ou le nombre total de runs à conserver, la correction d'URI d'artéfacts dans des métadonnées d'expériences et de runs, et la fusion d'expériences à partir de plusieurs répertoires mlruns dans un répertoire commun.

MolPred est un framework basé sur Hydronaut pour la construction de prédicteurs de caractéristiques moléculaires à l'aide de Chemfeat. Il offre les avantages de l'un et de l'autre, ainsi que plusieurs autres avantages : tous les hyperparamètres sont gérés via des fichiers de configuration YAML, y compris la sélection de modèles, ensembles de fonctionnalités moléculaires et métriques, avec un support complet pour les surcharges en ligne de commande. Les hyperparamètres peuvent être explorés à l'aide de balayages systématiques ou d'algorithmes d'optimisation. L'optimisation peut être suivie en temps réel avec Optuna Dashboard lors de l'utilisation du plugin Hydra's Optuna sweeper. Tous les paramètres, métriques, modèles et autres artefacts sont suivis avec MLflow. Les tests et les prédictions peuvent être effectués en récupérant des modèles et des configurations d'ensembles de fonctionnalités à partir de runs MLflow précédents. Les modèles peuvent être facilement ajoutés en enregistrant des sous-classes d'une classe fournie. Les classes enregistrées peuvent être sélectionnées par nom à partir du fichier de configuration. De nouvelles calculateurs d'ensembles de fonctionnalités chimiques/moléculaires peuvent être ajoutés et enregistrés via des sous-classes simples. Les calculs de fonctionnalités sont mis en cache dans une base de données locale pour éviter les calculs redondants.

SimGrid est un outil de simulation permettant l'étude du comportement de systèmes distribués tels que les grilles informatiques, les clouds, les systèmes HPC ou P2P. Il peut être utilisé pour évaluer des heuristiques, prototyper des applications ou analyser des applications MPI existantes.

Ce projet est un outil de suivi des mesures du plan de relance économique mis en place par le gouvernement français. Il permet de générer automatiquement des fiches de suivi à partir de données départementales et d'effectuer une analyse de ces données.

La galerie du projet ct (control toolbox) propose des exemples d'utilisation de différents packages, dont bocop et nutopy, pour la simulation de systèmes dynamiques, l'optimisation de coûts et le contrôle de trajectoires. Les exemples sont présentés sous forme de notebooks et de dashboards interactifs.

Jnp est un outil en ligne de commande et un package Python permettant de créer des présentations à partir de notebooks Jupyter. Il automatise le processus de conversion des notebooks en diapositives avec nbconvert et fournit des feuilles de style CSS personnalisées pour améliorer l'apparence des diapositives.

PSyclone est un système de génération et de transformation de code conçu pour le code PSyKAl développé dans le projet GungHo. Il est capable de travailler avec du code Fortran existant et offre une API pour le traitement de code Fortran.

Le projet caspo est un outil d'analyse et de prédiction de l'accessibilité des épitopes et des sites d'ancrage de protéines. Il permet de simuler l'impact de mutations sur les protéines et de prédire leur effet sur l'accessibilité des épitopes.

Le projet doc est une solution dédiée à la génération de documentation technique et de guides d'utilisation. Il permet de documenter des projets logiciels en utilisant des outils spécifiques tels que Sphinx, Sphinx_rtd_theme, sphinxcontrib.httpexample et sphinxcontrib.httpdomain.

Causal Data Augmentation est une méthode simple de renforcement de l'apprentissage supervisé en intégrant des connaissances encodées dans un graphe causal. Elle est théoriquement bien fondée et peut être combinée avec presque tous les algorithmes d'apprentissage supervisé prenant en charge l'apprentissage par pondération des instances.