La direction des affaires juridiques de l'AP-HP fournit un accompagnement juridique aux hôpitaux de Paris et gère la documentation juridique relative au droit hospitalier. Il conseille également les établissements de santé sur les questions juridiques.

L'AGEPS est en charge de l'évaluation, de l'achat, de l'approvisionnement et de la distribution de médicaments et de dispositifs médicaux pour les hôpitaux de l'AP-HP. Elle mène également des activités de recherche et de développement de médicaments et assure la gestion pharmaceutique des essais cliniques promus par l'AP-HP.