Spoon est une bibliothèque Java permettant d'analyser, transformer, transpiler et restructurer du code Java. Elle construit un AST (Arbre de Syntaxe Abstraite) bien conçu avec une API puissante pour l'analyse et la transformation. Spoon supporte les versions modernes de Java jusqu'à Java 20.

La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo analyse les données de séquençage à haut débit pour extraire les jonctions V(D)J et les regrouper en clones. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactive des clones et de leur évolution dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut également être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients pour le stockage des données et des métadonnées, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.