Ce projet vise à analyser et reconstruire les régions génomiques contenant les gènes de résistance NLR chez le melon (Cucumis melo) à l'aide du séquençage par échantillonnage adaptatif Nanopore. Il permet d'étudier la diversité allélique et l'architecture des clusters NLR chez 143 accessions de melon, facilitant ainsi les études d'association génétique et les programmes de sélection pour des cultivars plus résistants aux maladies.

Projet de recherche en génomique visant à étudier les hotspots de recombinaison indépendants du gène Prdm9 chez les mammifères placentaires. Il permet d'analyser des données génomiques (séquençage, cartes de déséquilibre de liaison) pour comparer des espèces et identifier des motifs évolutifs. Les résultats sont utilisés pour comprendre les mécanismes de recombinaison et leur impact sur la diversité génétique.

Projet dédié à l'analyse et à la comparaison de génomes complets pour identifier des variations génétiques, des duplications ou des réarrangements. Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'étudier les pangenomes, c'est-à-dire l'ensemble des gènes présents dans une espèce ou une population, afin de mieux comprendre leur diversité et leur évolution. Les outils développés facilitent l'identification de gènes d'intérêt, la reconstruction de pangenomes et l'analyse comparative à grande échelle.

Outil en ligne de commande dédié à l'analyse de données génomiques ou de matrices de distance. Il permet de réaliser des classifications basées sur les arbres de spanning minimum (MST), de calculer des distances entre profils, de générer des arbres hiérarchiques et des statistiques pour évaluer l'efficacité des clusters. Utilisé notamment pour étudier la diversité génétique de souches bactériennes comme Bordetella ou Corynebacterium.

GrAnnoT est un outil d'analyse génomique conçu pour transférer des annotations linéaires vers des graphes pangenomes et vice versa. Il permet d'étudier les relations entre génomes en produisant des alignements de gènes et des matrices de présence-absence. Utilisé dans la recherche en génomique, il facilite l'analyse comparative des génomes au sein de graphes pangenomes, essentiels pour comprendre la diversité génétique et les variations structurales.

Le projet rufipogonPangenome a pour objectif l'analyse du génome du riz sauvage, dans le but d'étudier la diversité génétique des espèces de riz et de faire progresser la recherche sur l'amélioration des variétés de riz cultivé.