RoseTTAFold est un outil de bioinformatique utilisant des modèles d'apprentissage profond pour prédire avec précision les structures 3D des protéines et leurs interactions. Il permet aux chercheurs d'obtenir des modèles moléculaires fiables pour étudier le fonctionnement des protéines, facilitant ainsi la compréhension des mécanismes biologiques et le développement de nouvelles thérapies. Le projet est particulièrement utile pour les études structurales et les applications en biologie computationnelle.

Ce projet est une bibliothèque de composants web open source dédiée à la visualisation et à l'analyse de données biologiques issues de mappings métaboliques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des rapports graphiques interactifs pour explorer les enrichissements, les réactions et les voies métaboliques, facilitant ainsi l'interprétation des résultats d'études génomiques ou métabolomiques.

Ce projet propose une analyse comparative et un benchmark des outils de différenciation pour les données Hi-C, une méthode d'étude des interactions 3D du génome. Il fournit des scripts et des données pour évaluer la performance de ces outils dans différents contextes biologiques, notamment l'analyse de l'occupation de facteurs de transcription comme le CTCF. Les résultats sont destinés à la communauté scientifique pour améliorer les méthodes d'analyse génomique.

EVIVALDI est un outil de simulation dédié à l'étude des systèmes microbiens et biologiques. Il permet de modéliser des processus complexes, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats de manière interactive. Le projet est particulièrement utile pour les chercheurs et les biologistes souhaitant comprendre et prédire le comportement de systèmes microbiens dans divers environnements.

PseudoTimeUI est une interface utilisateur dédiée à l'analyse et à la visualisation de données biologiques complexes, notamment pour l'étude des trajectoires cellulaires et des expressions géniques. Elle permet aux chercheurs de générer des graphiques interactifs et des visualisations avancées pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données biologiques complexes, notamment pour l'étude des trajectoires cellulaires et des variations d'expression génique. Permet aux chercheurs de générer des graphiques interactifs et des visualisations statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

RPG est un outil dédié à la prédiction des sites de clivage induits par les protéases sur des séquences d'acides aminés. Il permet aux chercheurs et biologistes de simuler et analyser les interactions enzymatiques pour optimiser la conception de peptides, facilitant ainsi les études en bioinformatique et biologie moléculaire.

Outil de visualisation dédié à l'analyse de données issues du séquençage ARN à haut débit en cellule unique (single-cell RNA-seq). Il permet aux chercheurs en biologie et en cancérologie de visualiser et d'explorer interactivement des résultats complexes, facilitant ainsi l'interprétation des données et la génération d'hypothèses pour des études sur le myélome multiple et d'autres pathologies.

Ce projet permet de simuler et modéliser des écosystèmes d'insectes en temps réel. Il offre des outils pour observer les comportements alimentaires, les déplacements et les interactions entre différentes espèces. Idéal pour des études en biologie ou en écologie, il facilite l'analyse des dynamiques naturelles et des stratégies de survie des insectes.

Ce projet propose une suite de notebooks Jupyter dédiés à l'analyse et la visualisation de données génomiques 3D issues de fichiers Hi-C. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'explorer les interactions chromosomiques et de générer des visualisations pour leurs études. Les outils sont conçus pour être utilisés dans un cadre académique ou institutionnel, facilitant la collaboration et l'interprétation des données.