Ce projet fournit des outils bioinformatiques pour identifier et analyser les systèmes de restriction-modification (R-M) dans les génomes procaryotes. Il inclut des profils HMM dédiés aux méthyltransférases et endonucléases, ainsi que des scripts pour automatiser la recherche et l'extraction de ces systèmes à partir de fichiers protéomiques. Ces outils sont essentiels pour la génomique comparative et l'étude des mécanismes de défense bactérienne.

DefenseFinder est un outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des systèmes de défense anti-phages dans les génomes bactériens. Il permet aux chercheurs et étudiants d'explorer les mécanismes de résistance des bactéries face aux virus, en utilisant des modèles de Markov cachés pour détecter des systèmes de défense inconnus. Le projet inclut des sessions pratiques pour former les utilisateurs à l'analyse génomique et à la reconstruction phylogénétique.

Projet de recherche en biologie évolutive dédié à l'analyse des protéines SIR2 et SIRim. Il permet d'étudier leur histoire évolutive, leur phylogénie, leur détection dans les génomes, et leur implication dans les systèmes de défense. Des modèles structuraux (AlphaFold2) sont également générés pour certaines protéines eucaryotes. Les résultats sont présentés sous forme de figures et d'alignements pour des publications scientifiques.