MetExplore 3 Java est une plateforme dédiée à l'analyse et à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de charger, visualiser et analyser des données issues de bases de données biologiques comme KEGG ou ChEBI. L'outil facilite l'intégration de réseaux métaboliques, la comparaison de voies métaboliques et la gestion de collections de données pour des études en métabolomique et biologie des systèmes.

Ce projet est une bibliothèque de composants web open source dédiée à la visualisation et à l'analyse de données biologiques issues de mappings métaboliques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des rapports graphiques interactifs pour explorer les enrichissements, les réactions et les voies métaboliques, facilitant ainsi l'interprétation des résultats d'études génomiques ou métabolomiques.

Ce projet automatise la récupération, la transformation et l'intégration de données biochimiques issues de bases de données spécialisées (comme KEGG ou BRENDA). Il permet de convertir des fichiers de données métaboliques, enzymatiques ou réactionnelles entre différents formats (ODS, TXT, SBML) et d'enrichir des modèles de voies métaboliques avec des informations thermodynamiques et cinétiques. Les outils développés facilitent l'analyse des réactions biochimiques et l'étude des enzymes pour la recherche en biologie systémique.

Outil d'analyse comparative d'enrichissement de jeux de gènes (GSEA) permettant aux chercheurs en biologie et en génomique de comparer et visualiser des résultats d'études génomiques. Il facilite l'interprétation des données biologiques en identifiant les voies métaboliques ou fonctionnelles significativement enrichies dans des listes de gènes.

Le projet EcoSysMic vise à étudier la diversité microbienne dans les communautés bactérioplanctoniques marines. Il utilise une série de référentiels pour la reconstruction de génomes, l'annotation de gènes, la reconstruction de voies métaboliques et l'analyse de la corrélation entre les organismes. Les résultats sont présentés dans une analyse globale avec des figures et des tableaux.