Ce projet vise à améliorer l'assemblage génomique de la petite mulette, une espèce d'eau douce en déclin, en utilisant des données de séquençage PacBio et Hi-C. L'objectif est de reconstruire un génome de référence à l'échelle chromosomique pour étudier les trajectoires démographiques d'espèces modèles et en déclin, afin d'éclairer les stratégies de conservation. Les analyses incluent le nettoyage des données, l'évaluation de la qualité des assemblages et la comparaison de méthodes de scaffolding.

BUSCO est un outil bioinformatique conçu pour évaluer la complétude des assemblages génomiques, des jeux de gènes ou des transcriptomes. Il utilise des orthologues conservés pour fournir une mesure quantitative de la qualité des données génomiques, aidant ainsi les chercheurs à identifier les lacunes dans leurs séquences et à améliorer la fiabilité de leurs analyses biologiques.

Outil dédié à l'analyse comparative de graphes génomiques issus de différentes méthodes (MiniGraph-Cactus, PGGB). Il permet d'évaluer la conservation des régions génomiques, d'identifier des variations structurales et de générer des métriques pour des études en génomique comparative. Les résultats sont utilisés pour des recherches en biologie évolutive et en génétique des populations.

PanZone est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des zones d'intérêt spécifiques au sein de pangénomes. Il permet de comparer des loci entre différents génomes en utilisant des outils comme PGGB et Minigraph-Cactus. Le pipeline génère des visualisations et des analyses pour évaluer la conservation génomique, facilitant ainsi la recherche en génomique comparative et en biologie des systèmes.