PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

Outil d'alignement de génomes conçu pour faciliter la construction de pangenomes. Il permet d'identifier des homologies entre séquences génomiques à grande échelle, même en cas de divergence élevée (jusqu'à 70% d'identité nucléotidique moyenne). Optimisé pour des alignements rapides sur des nœuds de calcul modestes, il est utilisé pour traiter des génomes de taille gigabase en quelques minutes à quelques heures.