PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

GrAnnoT est un outil d'analyse génomique conçu pour transférer des annotations linéaires vers des graphes pangenomes et vice versa. Il permet d'étudier les relations entre génomes en produisant des alignements de gènes et des matrices de présence-absence. Utilisé dans la recherche en génomique, il facilite l'analyse comparative des génomes au sein de graphes pangenomes, essentiels pour comprendre la diversité génétique et les variations structurales.

Outil d'alignement de génomes conçu pour faciliter la construction de pangenomes. Il permet d'identifier des homologies entre séquences génomiques à grande échelle, même en cas de divergence élevée (jusqu'à 70% d'identité nucléotidique moyenne). Optimisé pour des alignements rapides sur des nœuds de calcul modestes, il est utilisé pour traiter des génomes de taille gigabase en quelques minutes à quelques heures.