Outil d'alignement et d'analyse de données RNAseq (notamment SMART-Seq2) pour la génomique. Ce pipeline automatise le traitement des fichiers FASTQ en les alignant sur un génome de référence avec Hisat2, puis en comptant les transcrits avec htseq-count. Il génère des fichiers BAM, des tableaux de comptage bruts et normalisés, ainsi que des données prêtes pour des analyses différentielles avec DESeq2.

Outil bioinformatique conçu pour aligner des séquences génomiques ou nucléotidiques entre elles. Il permet de comparer des génomes, d'identifier des variations génétiques ou de reconstruire des transcrits. Utilisé en recherche génomique, il facilite l'analyse des données issues de séquençage haut débit, notamment pour des applications en génétique humaine, en écologie ou en biologie évolutive.

Ce projet permet l'analyse de transcriptomes par assemblage de génomes, alignment de séquences sur un génome de référence et quantification des transcrits. Il utilise des outils tels que Hisat2, Stringtie et MultiQC pour fournir une analyse complète et détaillée.

Le projet rnaseq est un workflow optimisé pour l'analyse de données RNA-seq, utilisant des conteneurs Singularity pour les logiciels et le langage de description de workflow Nexflow. Il permet l'alignement de génomes et la quantification de transcrits, avec une optimisation des ressources informatiques et une utilisation sur une ferme informatique avec un scheduler Slurm.

STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) est un logiciel de bioinformatique développé par Alexander Dobin. Il permet l'alignement de transcrits splicés sur un génome de référence, ainsi que l'analyse d'expression génique à partir de données de séquençage. Il est basé sur un conteneur Singularity et est distribué sous licence libre.

CHOUCAS est un outil conçu pour segmenter automatiquement des corpus de données langagières transcrites en unités linguistiques (chunks et POS). Il permet d'analyser la structure syntaxique superficielle de discours oraux, notamment spontanés ou monologues, en s'appuyant sur des étiquetages morphosyntaxiques. L'outil gère divers formats de transcriptions (TRS, TextGrid, EAF, CONLL) et génère des fichiers segmentés adaptés à des logiciels d'annotation comme Elan. Il facilite également l'alignement des transcriptions avec des signaux sonores pour une analyse plus fine.

Ce projet vise à aligner et à nettoyer les données de CESAR, une base de données sur le théâtre français des XVIIe et XVIIIe siècles, en utilisant des scripts et des notebooks Jupyter. Les données de la BNF et de Wikidata sont mises en correspondance avec celles de CESAR pour en améliorer la qualité et l'exhaustivité.