Ce projet fournit des outils bioinformatiques pour identifier et analyser les systèmes de restriction-modification (R-M) dans les génomes procaryotes. Il inclut des profils HMM dédiés aux méthyltransférases et endonucléases, ainsi que des scripts pour automatiser la recherche et l'extraction de ces systèmes à partir de fichiers protéomiques. Ces outils sont essentiels pour la génomique comparative et l'étude des mécanismes de défense bactérienne.

SpecOMS est un moteur de recherche en modification ouverte dédié à l'analyse de données de protéomique. Il permet d'identifier des modifications inconnues sur des peptides en comparant des spectres expérimentaux à des spectres théoriques issus d'une base de données protéique. L'outil réduit significativement le nombre de correspondances non résolues et offre une interface graphique pour explorer et visualiser les peptides identifiés.

Ce projet est un workflow Snakemake dédié à l'analyse phylogénétique de familles de gènes. Il permet de construire des profils HMM (Hidden Markov Models) à partir d'alignements de séquences protéiques, de rechercher ces profils dans des protéomes, et de reconstruire des arbres phylogénétiques pour étudier les relations évolutives entre espèces. Les résultats incluent des alignements multiples, des arbres phylogénétiques et des statistiques associées, facilitant la comparaison des génomes et l'identification de gènes d'intérêt.