Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Ce projet vise à comparer sept plateformes de séquençage, couvrant les technologies de deuxième génération à lecture courte (Illumina Hiseq300, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7, Ion S5 et Ion Proton P1) et de troisième génération à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies MinION et Pacific Biosciences PacBio). Trois communautés microbiennes synthétiques composées de jusqu'à 87 espèces microbiennes par mock et couvrant 29 phyla ont été utilisées pour l'évaluation. Les outils tels que fastp, AlienTrimmer, bowtie2, minimap2, SPAdes, metaFlye, metaquast et Python3 ont été utilisés pour le traitement et l'analyse des données.

ANOMALY est un workflow R simple et personnalisable pour l'analyse de communautés microbiennes. Il utilise le niveau ASV pour la caractérisation des communautés et intègre toutes les ressources des méthodes actuelles telles que le suivi des séquences, la décontamination, l'annotation taxonomique fusionnée, les tests statistiques et l'analyse différentielle croisée validée.

Biobakery_snakemake est un workflow développé pour fournir une méthode rapide et facile de réaliser une analyse de la composition d'une communauté microbienne en utilisant des outils du toolbox bioBakery. Ce workflow se concentre sur l'approche de profilage basée sur les lectures, sans nécessiter d'assemblage de lectures.

BIOCOM-PIPE est une pipeline d'analyse de métagénomique conçue pour caractériser les communautés microbiennes et étudier la diversité microbienne dans différents écosystèmes. Elle permet la reconstruction de génomes bactériens et fournit une analyse approfondie des données de séquençage.

Le projet EcoSysMic vise à étudier la diversité microbienne dans les communautés bactérioplanctoniques marines. Il utilise une série de référentiels pour la reconstruction de génomes, l'annotation de gènes, la reconstruction de voies métaboliques et l'analyse de la corrélation entre les organismes. Les résultats sont présentés dans une analyse globale avec des figures et des tableaux.

CoCoMiCo est un outil d'analyse des communautés microbiennes via leurs réseaux métaboliques à l'échelle génomique. Il calcule les potentialités de coopération et de compétition pour ces communautés.

Site officiel de la Communauté de communes Médullienne, regroupant 10 communes. Il informe les habitants sur les services publics locaux, les démarches administratives, les équipements communautaires et les initiatives environnementales. Le site propose également des ressources pour les familles, les entreprises et les sinistrés, tout en valorisant les actions culturelles et touristiques du territoire.