Decomics est une application interactive dédiée à l'analyse et à la déconvolution de données omics (transcriptomique, métabolomique, etc.). Elle permet aux chercheurs et biologistes de décomposer des échantillons complexes en sous-populations cellulaires ou moléculaires, facilitant ainsi l'interprétation des résultats expérimentaux. L'outil propose des méthodes non supervisées et des visualisations dynamiques pour explorer les données biologiques.

DebCAM est une bibliothèque R dédiée à l'analyse de l'hétérogénéité tissulaire. Elle permet de décomposer des profils d'expression génique complexes en sous-populations cellulaires distinctes grâce à des méthodes de déconvolution computationnelle. L'outil prend en charge des approches supervisées, non supervisées et semi-supervisées, en exploitant des marqueurs moléculaires ou des connaissances a priori pour identifier les composantes cellulaires dans des échantillons mixtes.

Environnements RStudio et Cytoscape dédiés à des ateliers de formation en bioinformatique (ETBII-2023). Ces outils permettent aux participants d'effectuer des analyses statistiques avancées, de visualiser des données biologiques complexes et d'explorer les réseaux moléculaires. Les ateliers couvrent des thématiques comme l'analyse multivariée, la génomique et l'écologie fonctionnelle.

Metabase est une plateforme dédiée à la gestion et à l'analyse de données issues de manipulations de laboratoire, notamment en biologie moléculaire et en séquençage génétique. Elle permet aux chercheurs de centraliser, organiser et visualiser des informations complexes comme les échantillons, les extractions, les amplifications et les résultats de séquençage. L'outil facilite le suivi des expériences, la collaboration entre équipes et la génération de rapports détaillés pour des analyses scientifiques approfondies.

Module IMP dédié à la modélisation bayésienne multi-échelle des structures macromoléculaires à partir de cartes de densité obtenues par cryo-microscopie électronique. Il permet d'affiner les modèles moléculaires en intégrant des données expérimentales pour améliorer la précision des structures 3D. Utilisé principalement en biologie structurale et en bioinformatique pour l'analyse de complexes macromoléculaires.

Ce projet propose des outils et pipelines pour extraire et ordonner des barcodes à partir de données de lectures liées (linked reads). Il permet de simuler des graphes moléculaires, de transformer des graphes de barcodes en graphes de cliques locales (LCP), et d'évaluer la qualité des chemins reconstruits pour retrouver l'ordre des molécules. Destiné à la recherche en bioinformatique, il facilite l'analyse de séquences génomiques complexes.

Nf_column_reordering est un pipeline Nextflow conçu pour réorganiser et analyser des colonnes de données biologiques, notamment dans le cadre de séquences génétiques. Il permet d'automatiser des workflows complexes pour le traitement de données issues de recherches en biologie moléculaire, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des résultats. Développé à l'Institut Pasteur, il s'intègre dans des environnements de calcul intensif pour optimiser les processus de recherche.

Bioviz-js est une bibliothèque JavaScript dédiée à la visualisation de données biologiques complexes. Elle permet aux chercheurs et biologistes de représenter des génomes, des cladogrammes, des QTL et d'autres données génétiques sous forme de graphiques interactifs. L'outil facilite l'analyse et l'interprétation des données pour des applications en génomique, phylogénie et biologie moléculaire.

Particles est un projet académique dédié à la simulation et à la visualisation de systèmes de particules en temps réel. Il permet aux étudiants et chercheurs de modéliser des phénomènes physiques complexes comme les fluides, les gaz ou les interactions moléculaires. L'outil offre une interface intuitive pour observer et analyser les comportements dynamiques des particules, facilitant ainsi l'apprentissage et l'expérimentation dans des domaines scientifiques variés.

PyC2MC est une bibliothèque Python dédiée à l'analyse et à la caractérisation moléculaire de matrices complexes. Elle fournit des outils pour faciliter le traitement des données issues de techniques analytiques avancées, permettant aux chercheurs et ingénieurs de simplifier leurs workflows et d'obtenir des résultats plus précis dans leurs études chimiques.