Ce projet vise à analyser la méthylation de l'ADN chez les poulets stressés en utilisant des données de séquençage de bisulfite. Il comprend des scripts et des pipelines pour le prétraitement des données, la recherche de différences de méthylation entre échantillons et l'analyse de l'expression des gènes.

DeepSTR est un projet d'analyse et de prédiction de l'impact fonctionnel des variations du génome, en particulier les variations répétitives (STR). Il inclut des algorithmes de machine learning et de fouille de données pour détecter des motifs dans les séquences d'ADN et prédire leur impact sur la régulation génique.

KisSplice est un outil permettant l'analyse de données de séquençage à haut débit d'ADN. Il permet la reconstruction de génomes à partir de données de séquençage et la détection de variants structuraux dans des génomes. Il est basé sur l'algorithme de recherche d'isomères de sous-graphes et permet une analyse efficace et précise des données de séquençage.

Mummer est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, avec une spécialisation dans l'alignement de séquences d'ADN et la détection de variations structurales. Il permet aux chercheurs en génomique de comparer des séquences d'ADN et d'identifier les similitudes et les différences entre elles, ce qui facilite la compréhension de l'évolution des génomes et l'identification de mutations responsables de maladies.

Disseq est un projet dédié au calcul de distances entre séquences génétiques, notamment entre reads issus de séquençage NGS. Il permet de comparer des barcodes ADN ou des séquences génétiques pour des analyses environnementales ou taxonomiques. Les outils développés génèrent des matrices de distances exactes ou approchées, facilitant la classification et la clustering de données biologiques.

Outil dédié à l'analyse différentielle de la méthylation de l'ADN à partir de données de séquençage bisulfite. Permet de pré-traiter les données, d'identifier les régions différentiellement méthylées (DMR) et de générer des visualisations pour faciliter l'interprétation des résultats épigénétiques dans des études biologiques ou médicales.

Plateforme dédiée à la formation et à l'analyse de données de séquençage ADN. Elle permet aux utilisateurs d'apprendre et de manipuler des outils bioinformatiques via une interface accessible basée sur Galaxy, facilitant ainsi l'exploration des données génomiques.

Ce projet vise à concevoir un probe RNA pour cibler l'ADN environnemental de la grenouille rousse *Rana temporaria* en utilisant un protocole ddRADseq pour séquencer les génomes de huit individus. Les données de séquençage sont analysées pour prédire le nombre de loci et déterminer la taille des fragments d'ADN générés par le protocole.

Outil dédié à l'analyse et au regroupement de séquences biologiques pour faciliter l'identification de motifs, la classification de variants ou l'étude de données génomiques. Il permet aux chercheurs et biologistes de structurer et interpréter des ensembles de données complexes issus de séquences ADN ou protéiques.

Le projet UTOPIA vise à construire une base de données de séquences d'ADN fongiques et à fournir des outils pour l'analyse et l'identification des espèces fongiques. Il permet de télécharger des données à partir de sources publiques, de formater et de nettoyer ces données, de les comparer à la base de données taxonomique de NCBI et de produire des fichiers de sortie normalisés.