Ce projet contient des notebooks R associés à l'article de revue : [_Causal inference methods for combining randomized controlled trials and observational studies: a review_](https://arxiv.org/abs/2011.08047). Il permet de reproduire les simulations et les graphiques présentés dans l'article, ainsi que d'analyser des données médicales extraites de la Traumabase registry et de la CRASH-3 trial.

Ce projet vise à promouvoir la recherche reproductible en fournissant des outils et des méthodes pour l'analyse et la visualisation de données dans le domaine de la recherche agronomique et environnementale. Il est basé sur le langage de programmation R et propose une interface interactive pour faciliter l'utilisation des différents outils.

Ce projet regroupe des packages R dédiés au traitement et à l'analyse de données de mesures physiques. Il permet de faciliter le calcul de grandeurs dérivées, la visualisation de résultats et l'analyse statistique de ces données.

Ce projet contient les ressources pédagogiques pour un cours sur les enjeux liés aux nouvelles sources de données pour la statistique publique donné à l'Ensai sur les années scolaires 2022/2023 et 2023/2024. Il inclut des slides de présentation et des applications permettant d'analyser des données du registre parcellaire français avec R et PostGIS, ainsi que de réaliser une classification automatique en NLP avec Fasttext sur les déclarations d'entreprises.

Ce projet est le code source du module 2 d'un parcours de formation à R dédié au pôle ministériel MTES-MCTRCT. Il vise à donner aux apprenants les compétences nécessaires pour préparer des données en vue d'analyses statistiques, en les explorant, les comprenant, les structurant et les enrichissant avec des données externes.

Ce projet fournit un conteneur Singularity pour l'analyse statistique de données à l'aide de R-stan. Il permet d'exécuter des scripts R-stan pour des analyses bayésiennes dans un environnement isolé et reproductible.

DiCoExpress est un espace de travail développé en R destiné aux scientifiques, sans expertise en statistiques, mais connaissant R, pour l'analyse de jeux de données RNA-seq. DiCoExpress effectue des contrôles de qualité, propose des analyses de modèles linéaires généralisés (GLM) avec une écriture automatisée des contrastes, permettant à l'utilisateur de répondre à plusieurs questions biologiques. Enfin, DiCoExpress réalise une analyse de co-expression à l'aide de modèles de mélange.

Le projet gqe-recomblines est une application R-Shiny dédiée à l'analyse et à la visualisation de données environnementales. Il offre une interface conviviale pour gérer et interpréter des projets de recherche, favorisant ainsi la collaboration et l'exploration de données en temps réel.

RANOMALY est un package R dédié à l'analyse de la diversité microbienne. Il permet de traiter et d'interpréter des données issues de séquençage à haut débit, en particulier pour les gènes 16S et ITS. Il intègre des méthodes statistiques avancées et des algorithmes d'apprentissage automatique pour détecter et caractériser les espèces microbiennes présentes dans un échantillon.

Ce projet consiste en une collection de notebooks Jupyter, de fichiers R et Python dédiés à l'analyse et à la visualisation des données d'un étude sur les neurones projetant dans le bulbe olfactif de la souris. Le référentiel contient des analyses transcriptomiques standard de neurones projetants, une inférence de réseaux de gènes régulateurs, une analyse de réseaux de gènes régulateurs et une simulation de données unicellulaires à partir de données de séquençage d'ARN en vrac.