Ce projet vise à intégrer des jeux de données de biologie végétale et des outils d'évaluation dans PubAnnotation, une plateforme d'annotation de texte. Cela permettra une analyse plus poussée des données et une évaluation de leur qualité, facilitant ainsi la recherche dans le domaine de la biologie végétale.

Le kit du débutant est un projet dédié à la segmentation d'images biologiques et à l'analyse de données cellulaires. Il fournit des instructions d'installation et d'utilisation de Cellpose, un outil de segmentation d'images, sur différentes plateformes (Windows, Linux) et interfaces (Fiji, QuPath). Le projet vise à automatiser le traitement d'images et à faciliter l'analyse de données cellulaires pour les débutants en bio-image informatique.

Treediff est un projet dédié à l'analyse de données de séquençage à haut débit, offrant des fonctionnalités d'analyse différentielle d'expression génique et de visualisation de données. Il permet aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'œuvre dans les systèmes biologiques.

Ce projet fournit des solutions aux exercices du cours de python pour biologistes. Il vise à illustrer l'utilisation de la programmation python pour résoudre des problèmes courants en biologie, tels que l'analyse de données, l'automatisation de tâches de laboratoire et la visualisation de données.

Ateliers Codons est une plateforme dédiée à la visualisation et l'analyse de données biologiques. Elle permet aux utilisateurs de proposer des jeux de données pour des défis de visualisation, de partager les résultats de leurs analyses et de collaborer sur des projets de recherche.

Ce projet aide les biologistes à analyser, visualiser et simuler des données biologiques en utilisant le langage de programmation Python.

Le projet acarre-envpasteur est un dépôt de code source contenant un environnement de développement pour la recherche en biologie. Il permet l'analyse de données biologiques et la recherche sur les maladies infectieuses en utilisant des algorithmes de machine learning. Ce dépôt contient un fichier de recette Singularity pour construire une image contenant tous les outils nécessaires à ces tâches.

Ce projet, lié au projet MIX-ENABLE, vise à réaliser une analyse de la déviance positive dans l'élevage mixte pour une agriculture durable. Il traite et analyse des données relatives à l'élevage biologique et conventionnel, permettant ainsi de comparer différents systèmes d'élevage et d'identifier des pratiques innovantes et durables.

RattleSNP est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, proposant un workflow snakemake pour le mapping de données simples ou appariées. Il offre des fonctionnalités de visualisation de données biologiques grâce à matplotlib et tabulate, ainsi qu'une gestion optimisée des dépendances grâce à biopython, numpy et pandas.

Ce projet vise à introduire les approches computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques. Grâce à des techniques expérimentales novatrices, le fonctionnement des systèmes biologiques peut désormais être exploré avec une précision quantitative au niveau du génome. Ce cours propose une introduction aux aspects bioinformatiques et statistiques de l'analyse de données biologiques à grande échelle (OMICs) et offre des exercices pratiques pour approfondir la compréhension de concepts clés par une expérience concrète sur des jeux de données choisis.