Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN (RNA-Seq) pour identifier les gènes dont l'expression varie significativement entre des conditions biologiques. Il génère des rapports détaillés, des visualisations (PCA, heatmaps, volcano plots) et des scores d'activation pour des ensembles de gènes. Permet également l'enrichissement fonctionnel et l'analyse des voies métaboliques via des bases de données spécialisées comme KEGG ou MSigDB.

RNA-Ribo Explorer (RRE) est un logiciel interactif et autonome dédié à l'analyse, la visualisation et l'exploration de données transcriptomiques (RNA-seq) et translatomiques (Ribo-seq). Il permet d'étudier conjointement ces données pour identifier des ARN dont le statut de traduction ou la régulation est modifié dans certaines conditions biologiques. Accessible sous licence Cecill, il est développé en Java pour une compatibilité multiplateforme.

Projet de bioinformatique dédié à l'analyse des isoformes d'ARN et à l'assemblage de transcrits à partir de données de séquençage haut débit. Utilisé pour étudier l'expression génique et identifier des variants fonctionnels dans des échantillons biologiques.

Ce dépôt centralise des extraits de code en R et Python dédiés à la visualisation graphique de données, principalement dans un contexte scientifique. Il propose des scripts pour générer des heatmaps, des barplots tridimensionnels, des scatter plots colorés, ou encore des courbes de couverture de séquençage ARN. Certains outils, comme Polysome Rider, sont conçus pour des analyses de données biologiques avancées, facilitant la production de graphiques propres et exploitables pour des publications ou des présentations.

SingleCellNormalize est une solution dédiée à la normalisation des données issues du séquençage ARN à cellule unique. Elle permet de filtrer les données pour éliminer les artefacts et corriger les biais liés aux différences de lots expérimentaux. Cet outil facilite l'analyse comparative des profils d'expression génique entre cellules, essentiel pour la recherche en biologie cellulaire et la compréhension des mécanismes biologiques.

DROP est une pipeline bioinformatique conçue pour détecter des anomalies dans les données d'expression génique à partir de séquences ARN. Elle permet aux chercheurs d'identifier des variations aberrantes dans des échantillons biologiques, facilitant ainsi l'analyse de maladies génétiques ou de mécanismes biologiques. Le projet intègre des jeux de données de référence publics pour valider les résultats et propose des outils pour automatiser et optimiser les workflows d'analyse génomique.

LibriboSeq est une bibliothèque logicielle dédiée à l'analyse et au traitement des données issues de la technique Ribo-seq, utilisée pour étudier les interactions entre les ribosomes et l'ARN messager. Elle permet aux chercheurs en biologie moléculaire de manipuler, interpréter et visualiser ces données complexes afin d'en extraire des informations biologiques pertinentes.

Outil de visualisation dédié à l'analyse de données issues du séquençage ARN à haut débit en cellule unique (single-cell RNA-seq). Il permet aux chercheurs en biologie et en cancérologie de visualiser et d'explorer interactivement des résultats complexes, facilitant ainsi l'interprétation des données et la génération d'hypothèses pour des études sur le myélome multiple et d'autres pathologies.

SingR est une application locale dédiée à l'analyse et à la visualisation de données de séquençage ARN simple cellule (scRNA-seq). Elle permet aux chercheurs d'explorer la composition des échantillons cellulaires, d'évaluer la qualité des données, de comparer l'expression génétique entre groupes, et d'identifier des voies biologiques enrichies. L'outil intègre des fonctionnalités de visualisation avancées (UMAP, t-SNE, PCA) et des tests statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats biologiques.