Le projet seascape_course_cloud est une plateforme d'analyse de données génomiques marines. Il permet aux utilisateurs de traiter et d'analyser des données de séquençage à haut débit pour détecter des structures populationnelles chez les organismes marins et construire des cartes génétiques pour l'étude des paysages.

Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

Ce projet concerne l'analyse de données génomiques de trois espèces de poissons méditerranéens : mullus surmuletus, diplodus sargus et serranus cabrilla. Il comprend des scripts et des outils pour le filtrage des données SNPs, la description des SNPs sur le génome, le calcul de la distance moyenne entre les SNPs et le comptage des SNPs situés dans ou en dehors des régions codantes et mitochondriales.

KisSplice est un outil permettant l'analyse de données de séquençage à haut débit d'ADN. Il permet la reconstruction de génomes à partir de données de séquençage et la détection de variants structuraux dans des génomes. Il est basé sur l'algorithme de recherche d'isomères de sous-graphes et permet une analyse efficace et précise des données de séquençage.

Le projet culebront_pipeline est dédié à l'assemblage et l'analyse de génomes à partir de lectures longues. Il offre des fonctionnalités d'analyse et de visualisation de données génomiques, permettant une meilleure compréhension des données et facilitant la prise de décision dans le domaine de la génomique.

DeepSTR est un projet d'analyse et de prédiction de l'impact fonctionnel des variations du génome, en particulier les variations répétitives (STR). Il inclut des algorithmes de machine learning et de fouille de données pour détecter des motifs dans les séquences d'ADN et prédire leur impact sur la régulation génique.

QTLseqr est un projet en cours de développement dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet la détection de variants génétiques et la recherche de gènes associés à des maladies. Le projet vise à offrir une solution robuste et fiable pour les chercheurs en génomique.

Ce projet permet la détection de variations génétiques et l'analyse de données génomiques grâce à des méthodes statistiques. Il propose également une visualisation claire des résultats grâce à des graphiques et des représentations adaptées.

Cutadapt est un outil bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage haut débit en supprimant des adaptateurs spécifiques. Il est utilisé en amont de l'analyse de données de génomique et permet d'améliorer la qualité des données en supprimant les séquences d'adaptateurs indésirables.

RattleSNP est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, proposant un workflow snakemake pour le mapping de données simples ou appariées. Il offre des fonctionnalités de visualisation de données biologiques grâce à matplotlib et tabulate, ainsi qu'une gestion optimisée des dépendances grâce à biopython, numpy et pandas.