Neomyia_microbiome est un projet dédié à l'étude et à l'analyse des microbiotes humains pour améliorer la santé personnalisée. Il permet de comprendre les interactions entre les micro-organismes et leur hôte, en identifiant des biomarqueurs spécifiques pour des applications thérapeutiques ou préventives. Le projet vise à développer des solutions innovantes basées sur des données microbiomiques, en collaboration avec des chercheurs et des professionnels de santé.

ExploreMetabar est une application interactive en R Shiny conçue pour analyser et explorer des données de métabarcoding (16S, ITS) issues de séquençage génomique. Elle permet aux chercheurs et biologistes de filtrer, normaliser et visualiser des données de microbiome à travers des modules dédiés à la composition taxonomique, la diversité alpha et bêta, les analyses différentielles et les statistiques multivariées. Les résultats sont exportables sous forme de tableaux, graphiques ou objets R pour une analyse approfondie.

Plateforme dédiée à l'analyse des microbiomes marins dans le cadre de l'atelier EBAME 2019. Elle permet aux chercheurs d'explorer et d'interpréter des jeux de données complexes issus de l'écologie microbienne marine. L'environnement facilite la collaboration entre experts en biologie et en bioinformatique pour répondre à des questions biologiques significatives.

Ce workflow offre une analyse automatisée des données microbiomes, en commençant par des marqueurs taxonomiques séquencés (tels que 16SrRNA) et en utilisant le boîtier à outils QIIME2 standard pour produire une table d'abondance et une analyse de diversité, phylogénie et taxonomie préliminaire.

Easy16S est une application web interactive conçue pour faciliter l'exploration, la visualisation et l'analyse de données de microbiome. Elle est construite sur le package R phyloseq et ses extensions, et est intégrée à la suite de traitement de séquences FROGS.