AllMine est un outil d'analyse de données de séquençage permettant le minage d'allèles à partir de régions d'intérêt spécifiées. Il prend en charge les séquençages d'ADN et d'ARN, paired ou single end, avec une longueur de lecture maximale de 350bp. Les données de séquençage doivent être au format fastq et peuvent être compressées en gzip. Un fichier CSV décrivant les échantillons, une référence génomique au format fasta et une annotation au format gff ou gtf sont nécessaires pour l'exécution d'AllMine.

Le projet rosepigs_stomach est dédié à l'analyse de données issues de séquençage pour les ARN (RNA-seq) et la méthylation de l'ADN (EM-seq). Il s'appuie sur les pipelines nf-core/rnaseq et nf-core/methylseq pour assurer un traitement robuste et reproductible des données.