Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN (RNA-Seq) pour identifier les gènes dont l'expression varie significativement entre des conditions biologiques. Il génère des rapports détaillés, des visualisations (PCA, heatmaps, volcano plots) et des scores d'activation pour des ensembles de gènes. Permet également l'enrichissement fonctionnel et l'analyse des voies métaboliques via des bases de données spécialisées comme KEGG ou MSigDB.

Outil dédié à l'identification et à l'analyse des petits ARN dans les données de séquençage haut débit de *Caenorhabditis elegans*. Ce projet facilite la recherche en génomique fonctionnelle en fournissant des méthodes automatisées pour traiter et interpréter des jeux de données complexes issus de séquençage.

Outil de visualisation dédié à l'analyse de données issues du séquençage ARN à haut débit en cellule unique (single-cell RNA-seq). Il permet aux chercheurs en biologie et en cancérologie de visualiser et d'explorer interactivement des résultats complexes, facilitant ainsi l'interprétation des données et la génération d'hypothèses pour des études sur le myélome multiple et d'autres pathologies.

RNAsig est un pipeline bioinformatique dédié à l'identification des signatures ARN sur les récepteurs RIG-I-like (RLRs) lors d'infections virales. Basé sur des analyses de séquençage haut débit, il permet de caractériser les ligands ARN spécifiques pour les récepteurs RIG-I, MDA5 et LGP2. L'outil facilite la compréhension des mécanismes de réponse immunitaire innée en comparant des échantillons totaux et enrichis, et génère des visualisations pour interpréter les données de couverture génomique.

Ce projet propose des données de séquençage ARN unicellulaire (scRNA-Seq) traitées et normalisées issues de quatre jeux de données publiés dans une étude scientifique. Les fichiers incluent des annotations cellulaires, des comptages bruts et normalisés, ainsi que des données corrigées pour les biais de batch. Ces ressources sont destinées à faciliter l'analyse et la comparaison des profils d'expression génique entre différentes conditions expérimentales.

Projet de bioinformatique dédié à l'analyse des isoformes d'ARN et à l'assemblage de transcrits à partir de données de séquençage haut débit. Utilisé pour étudier l'expression génique et identifier des variants fonctionnels dans des échantillons biologiques.

Ce dépôt centralise des extraits de code en R et Python dédiés à la visualisation graphique de données, principalement dans un contexte scientifique. Il propose des scripts pour générer des heatmaps, des barplots tridimensionnels, des scatter plots colorés, ou encore des courbes de couverture de séquençage ARN. Certains outils, comme Polysome Rider, sont conçus pour des analyses de données biologiques avancées, facilitant la production de graphiques propres et exploitables pour des publications ou des présentations.

Ce projet scientifique analyse des données de séquençage ARN unicellulaire pour étudier les mécanismes de développement des progéniteurs érythromyéloïdes et des vagues de progéniteurs définitifs. Il contribue à la compréhension de la construction du système hématopoïétique chez l'embryon, en comparant les données issues du sac vitellin et du foie fœtal.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq). Permet le traitement primaire et secondaire des données, incluant la détection de doublets cellulaires, l'installation d'environnements bioinformatiques et l'intégration de pipelines d'analyse. Utilisé principalement dans la recherche biomédicale et la génomique.