RNA-Seq-Compagnon est un outil d'analyse et de visualisation de données de séquençage RNA permettant l'analyse quantitative et qualitative des ARNm, ainsi que l'identification des voies de signalisation différentiellement régulées.

Le pipeline RNASeq est un outil d'analyse de données de séquençage RNA. Il permet de prétraiter les lectures, de vérifier leur qualité, de les mapper sur un génome de référence et de générer une table de comptage de gènes.

Le projet rosepigs_stomach est dédié à l'analyse de données issues de séquençage pour les ARN (RNA-seq) et la méthylation de l'ADN (EM-seq). Il s'appuie sur les pipelines nf-core/rnaseq et nf-core/methylseq pour assurer un traitement robuste et reproductible des données.

Ce projet vise à concevoir un probe RNA pour cibler l'ADN environnemental de la grenouille rousse *Rana temporaria* en utilisant un protocole ddRADseq pour séquencer les génomes de huit individus. Les données de séquençage sont analysées pour prédire le nombre de loci et déterminer la taille des fragments d'ADN générés par le protocole.