Le projet nanopack est un conteneur qui regroupe trois outils pour le traitement et l'analyse de données de séquençage longue : NanoPlot, NanoComp et NanoStat. Ces outils permettent de plotter des données de séquençage longue, de comparer des jeux de données et de calculer des statistiques.

Ce projet vise à comparer sept plateformes de séquençage, couvrant les technologies de deuxième génération à lecture courte (Illumina Hiseq300, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7, Ion S5 et Ion Proton P1) et de troisième génération à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies MinION et Pacific Biosciences PacBio). Trois communautés microbiennes synthétiques composées de jusqu'à 87 espèces microbiennes par mock et couvrant 29 phyla ont été utilisées pour l'évaluation. Les outils tels que fastp, AlienTrimmer, bowtie2, minimap2, SPAdes, metaFlye, metaquast et Python3 ont été utilisés pour le traitement et l'analyse des données.

Smartdenovo est un assembleur de novo ultra-rapide utilisant des lectures longues et bruyantes. Il est basé sur un conteneur Singularity et est installé à l'aide de Miniconda3. Il peut être récupéré à partir du registre et est utilisé pour l'analyse de données de séquençage d'ADN et la recherche en biologie computationnelle.

Flye est un assembleur de séquences d'ADN rapide et précis pour les lectures de séquençage à longue portée. Il permet l'analyse de génomes entiers à partir de données de séquençage et est basé sur un conteneur Singularity.

AllMine est un outil d'analyse de données de séquençage permettant le minage d'allèles à partir de régions d'intérêt spécifiées. Il prend en charge les séquençages d'ADN et d'ARN, paired ou single end, avec une longueur de lecture maximale de 350bp. Les données de séquençage doivent être au format fastq et peuvent être compressées en gzip. Un fichier CSV décrivant les échantillons, une référence génomique au format fasta et une annotation au format gff ou gtf sont nécessaires pour l'exécution d'AllMine.