NanoComp est un outil bioinformatique conçu pour comparer les résultats de séquençage Oxford Nanopore et les alignements associés. Il permet aux chercheurs d'évaluer les performances de différents pipelines ou jeux de données, facilitant ainsi l'optimisation des analyses génomiques. L'outil génère des rapports visuels et statistiques pour aider à la prise de décision dans les projets de séquençage à haut débit.

Outil dédié à l'analyse et au contrôle qualité des données issues du séquençage nanopore. MONAqc permet de traiter simultanément plusieurs runs de séquençage, en générant des rapports comparatifs et des visualisations interactives. Il facilite l'évaluation des performances des échantillons et l'identification des anomalies, optimisant ainsi les processus de recherche et de diagnostic en génomique.

Outil bioinformatique spécialisé dans le traitement des données de séquençage génomique. Porechop permet de supprimer les adaptateurs et de démultiplexer les lectures produites par les séquenceurs Oxford Nanopore. Il optimise ainsi les données brutes pour des analyses ultérieures plus précises et fiables.

Le projet nanofilt est un package dédié au filtrage et au recadrage des données de séquençage Oxford Nanopore. Il permet de traiter et d'analyser des données biologiques grâce à une image Singularity.

Ce projet vise à assembler et analyser les génomes de guêpes parasitoïdes du genre Campoplex à partir de données de séquençage Nanopore. Réalisé au Muséum National d'Histoire Naturelle, il compare différents outils d'assemblage et de polissage pour produire des génomes de haute qualité. Les résultats sont évalués via des métriques statistiques et des outils dédiés, permettant d'optimiser les pipelines bioinformatiques pour des études génomiques.

Nanofilt est un outil bioinformatique conçu pour filtrer et tronquer des données de séquençage issues de la technologie Oxford Nanopore. Il permet d'éliminer les séquences de mauvaise qualité ou indésirables, facilitant ainsi l'analyse ultérieure des données génomiques. Utilisé principalement en recherche biomédicale et en génomique, il optimise les données brutes pour des traitements plus précis et fiables.

Ce projet vise à comparer sept plateformes de séquençage, couvrant les technologies de deuxième génération à lecture courte (Illumina Hiseq300, DNBSEQ-G400, DNBSEQ-T7, Ion S5 et Ion Proton P1) et de troisième génération à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies MinION et Pacific Biosciences PacBio). Trois communautés microbiennes synthétiques composées de jusqu'à 87 espèces microbiennes par mock et couvrant 29 phyla ont été utilisées pour l'évaluation. Les outils tels que fastp, AlienTrimmer, bowtie2, minimap2, SPAdes, metaFlye, metaquast et Python3 ont été utilisés pour le traitement et l'analyse des données.

AlienTrimmer est un outil en ligne de commande conçu pour filtrer rapidement les bases non fiables et les séquences d'oligonucléotides étrangers (comme les adaptateurs, amorces ou barcodes) dans les données de séquençage. Il améliore la qualité des lectures en supprimant les régions problématiques en 5' et 3', tout en optimisant les performances pour les données Illumina et nanopore. L'outil est largement utilisé en bioinformatique pour préparer les données avant l'analyse génomique.

Le projet nanocomp est un outil de bioinformatique permettant l'analyse et la comparaison de données de séquençage Oxford Nanopore. Il est basé sur un conteneur Singularity et utilise Miniconda3 pour la gestion des paquets.