Cutadapt est un outil bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage haut débit en supprimant des adaptateurs spécifiques. Il est utilisé en amont de l'analyse de données de génomique et permet d'améliorer la qualité des données en supprimant les séquences d'adaptateurs indésirables.

Ce projet est un conteneur Singularity basé sur Debian 9.8 slim, contenant une installation de Miniconda3 avec Python 3.7.4 version miniconda3_py37_4.11.0. Il permet de construire et de partager un environnement logiciel reproductible pour la recherche en bioinformatique et l'analyse de données génomiques.

Ce projet vise à introduire les approches computationnelles pour l'étude des systèmes biologiques. Grâce à des techniques expérimentales novatrices, le fonctionnement des systèmes biologiques peut désormais être exploré avec une précision quantitative au niveau du génome. Ce cours propose une introduction aux aspects bioinformatiques et statistiques de l'analyse de données biologiques à grande échelle (OMICs) et offre des exercices pratiques pour approfondir la compréhension de concepts clés par une expérience concrète sur des jeux de données choisis.

Bioawk est un package bioinformatique modifié pour le traitement de données biologiques, notamment les données génomiques. Il s'agit d'une version modifiée d'awk, un langage de programmation utilisé pour le traitement de texte et des données. bioawk est conçu pour être utilisé avec des données biologiques et fournit des fonctionnalités supplémentaires pour faciliter l'analyse de ces données.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

Ce projet utilise Snakemake et Singularity pour gérer des workflows bioinformatiques sur des clusters de calcul haute performance. Il permet l'analyse de données génomiques en utilisant des conteneurs pour assurer la reproductibilité et la portabilité des analyses.

Bbmap est un outil d'alignement de séquences courtes d'ADN écrit en Java, sans dépendances autres que Java. Il est multithreadé et efficace, et est accompagné d'autres outils bioinformatiques. Il est utilisé pour l'analyse de données génomiques et la recherche de variations génétiques.

Plateforme de formation en ligne dédiée à la bioinformatique, l'analyse de données, la génomique et l'agriculture.

IKISS est un projet d'analyse de génomes bactériens permettant l'identification de souches et la détection de mutations sous sélection. Il s'appuie sur des méthodes bioinformatiques avancées pour fournir une analyse précise et fiable des données de séquençage.

STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) est un logiciel de bioinformatique développé par Alexander Dobin. Il permet l'alignement de transcrits splicés sur un génome de référence, ainsi que l'analyse d'expression génique à partir de données de séquençage. Il est basé sur un conteneur Singularity et est distribué sous licence libre.