DExTER est un outil bioinformatique conçu pour analyser des séquences génomiques et des données d'expression génique. Il permet d'identifier des régions génomiques pertinentes (k-mers) associées à des conditions biologiques spécifiques. Le logiciel génère des modèles prédictifs pour comprendre les liens entre les séquences et l'expression des gènes, facilitant ainsi la recherche en biologie moléculaire et en génomique fonctionnelle.

RQL est un framework et un langage de requête dédié à la découverte de règles dans les bases de données. Il permet aux utilisateurs d'identifier des dépendances fonctionnelles, des règles d'association ou d'autres types de règles entre les données. Le projet propose une interface web pour formuler des requêtes SQL ou RQL et visualiser les règles générées, facilitant ainsi l'analyse et la compréhension des relations au sein des données.

Projet de stage axé sur l'analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) pour identifier des variants génétiques associés au syndrome du QT long. Le projet inclut le contrôle qualité des données, l'annotation fonctionnelle des variants, la détection de mutations de novo et mendéliennes, ainsi que l'analyse de variants structuraux (CNV). Les résultats sont visualisés et interprétés pour identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la pathologie.

Ce projet est dédié à l'analyse et au traitement de données IRM fonctionnelles provenant du Human Connectome Project. Il vise à créer des figures pour des études scientifiques en utilisant Octave 5.1 et SPM12 pour Octave. Les données raw sont téléchargées depuis l'URL spécifiée et les résultats de l'analyse sont stockés dans des répertoires dédiés.

Outil dédié à l'identification et à l'analyse des petits ARN dans les données de séquençage haut débit de *Caenorhabditis elegans*. Ce projet facilite la recherche en génomique fonctionnelle en fournissant des méthodes automatisées pour traiter et interpréter des jeux de données complexes issus de séquençage.

Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

GreenPhylDB est une base de données dédiée à la génomique comparative et fonctionnelle des plantes. Elle propose des catalogues de familles de gènes issus de prédictions génomiques couvrant un large spectre de plantes vertes. Les données sont annotées manuellement et analysées via des approches phylogénétiques pour prédire les relations homologues, facilitant ainsi les études évolutives et fonctionnelles visant à identifier des gènes candidats influençant des traits agronomiques chez les cultures.

Outil bioinformatique automatisé pour l'analyse de données de séquençage haut débit (CUT&Tag et DAP-Seq). Il permet d'identifier les régions génomiques liées à des protéines spécifiques, d'annoter ces régions, de comparer les profils d'expression entre échantillons et de visualiser les résultats dans des navigateurs génomiques comme IGV. Destiné principalement à la recherche en biologie végétale et génomique fonctionnelle.

PHINDaccess_FUNOMICs est un projet dédié à la formation dans le domaine de l'annotation et de l'analyse fonctionnelle de données génomiques et épigénomiques. Il propose des tutoriels pratiques couvrant divers aspects de l'analyse fonctionnelle, tels que l'annotation fonctionnelle à l'aide de Gene Ontology et Kegg, l'analyse fonctionnelle avec GSEA, GREAT et methylGSA, l'analyse de données OMICs et l'analyse de réseaux.

Environnements RStudio et Cytoscape dédiés à des ateliers de formation en bioinformatique (ETBII-2023). Ces outils permettent aux participants d'effectuer des analyses statistiques avancées, de visualiser des données biologiques complexes et d'explorer les réseaux moléculaires. Les ateliers couvrent des thématiques comme l'analyse multivariée, la génomique et l'écologie fonctionnelle.