Ce projet propose une suite de notebooks Jupyter dédiés à l'analyse et la visualisation de données génomiques 3D issues de fichiers Hi-C. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire d'explorer les interactions chromosomiques et de générer des visualisations pour leurs études. Les outils sont conçus pour être utilisés dans un cadre académique ou institutionnel, facilitant la collaboration et l'interprétation des données.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire de comparer des données expérimentales, comme celles issues de l'étude de la structure 3D du génome, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. Le projet génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de sortie exploitables pour des analyses approfondies.

Ce projet propose une analyse comparative et un benchmark des outils de différenciation pour les données Hi-C, une méthode d'étude des interactions 3D du génome. Il fournit des scripts et des données pour évaluer la performance de ces outils dans différents contextes biologiques, notamment l'analyse de l'occupation de facteurs de transcription comme le CTCF. Les résultats sont destinés à la communauté scientifique pour améliorer les méthodes d'analyse génomique.

Le projet scaff10x vise à fournir des outils pour le développement et la documentation de recherches en biologie. Il permet la génération de modèles 3D, l'analyse de données génomiques à grande échelle et l'intégration de données multi-omiques pour une meilleure compréhension des systèmes biologiques.

Ce projet vise à analyser la conformation 3D du génome d'une levure modifiée par insertion d'une séquence répétitive de 20 kb. L'objectif est de cartographier les interactions entre cette insertion et le reste du génome à l'aide de données HiC. Les résultats permettent de comprendre l'impact de cette modification sur l'organisation spatiale des chromosomes et d'identifier des zones de contact préférentielles avec des régions génomiques spécifiques.