CCQTL est une interface web dédiée à l'analyse de données QTL sur des souris de type Collaborative Cross. Elle propose une interface utilisateur conviviale pour l'analyse de données phénotypiques, ainsi qu'une structure de base de données sécurisée et organisée pour le stockage des données phénotypiques.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse de l'expression allélique à partir de données de séquençage haut débit. Il permet d'identifier et de quantifier les différences d'expression entre les allèles d'un gène, facilitant ainsi la compréhension des mécanismes génétiques sous-jacents aux variations phénotypiques.

Le package R VarExp fournit des fonctions pour l'estimation de la variance phénotypique expliquée par des effets génétiques, interactionnels ou conjointement par ces deux effets. Ces fonctions sont utiles pour les designs de méta-analyse où la mise en commun des données génétiques individuelles est difficile.

R_QTLseqr est un projet en cours de développement visant à fournir des outils pour l'analyse de données génomiques et la détection de variations génétiques. Il permettra de rechercher des liens entre le génotype et le phénotype, offrant ainsi de nouvelles perspectives pour la recherche biomédicale.

Orthomam Pelican est un projet de recherche visant à identifier les corrélations génomiques associées à divers phénotypes chez les mammifères. Il propose des annotations de phénotypes discrets et continus, ainsi que des outils d'analyse pour l'enrichissement fonctionnel et la visualisation de données phylogénétiques. Les résultats sont accessibles via des scripts dédiés et des carnets de notes interactifs.

Méthode de burden testing basée sur SAIGE pour identifier des associations entre des groupes de variants génétiques et des phénotypes complexes. Permet d'analyser des données génomiques à grande échelle en utilisant des modèles mixtes généralisés pour détecter des effets cumulatifs de variants rares ou fréquents sur des traits quantitatifs ou binaires.

CoMut est une bibliothèque Python permettant de créer des graphiques de comutation pour visualiser les informations génomiques et phénotypiques. Elle est particulièrement utile dans le domaine médical pour l'analyse de données de patients.

Ce projet propose un ensemble de données issues d'une plateforme de phénotypage végétal. Il permet aux chercheurs et développeurs de tester et valider des outils dédiés à l'analyse des caractéristiques physiques des plantes. Les données sont structurées pour faciliter leur intégration dans des workflows de recherche ou de développement.

InfraPhenoGrid est une infrastructure dédiée à la gestion des données produites par les plates-formes de phénotypage végétal à haut débit. Elle permet d'utiliser des workflows scientifiques distribués sur une grille de calcul pour analyser les jeux de données massifs et complexes issus de ces plates-formes, avec pour objectif d'extraire des connaissances utiles en contexte de changement climatique et de sécurité alimentaire.

Ce projet vise à identifier les déterminants génétiques de la réponse au stress $CO_2$ élevé sur l'absorption des minéraux chez Arabidopsis. Il contient des scripts de pré-traitement, d'analyse et de visualisation des données de phénotypage de trois populations d'Arabidopsis.