Coala est un outil d'inférence phylogénétique permettant l'analyse de données évolutives et la simulation de scénarios d'évolution. Il offre des fonctionnalités avancées pour la visualisation de données phylogénétiques et la détection d'événements évolutifs tels que les co-spécications, les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

Le projet SMS (Smart Model Selection) est un outil dédié à la sélection de modèles pour la phylogénétique. Il permet d'analyser des données biologiques et de construire des arbres phylogénétiques en utilisant des méthodes avancées. Ce projet est le fruit du travail de Vincent Lefort, Jean-Emmanuel Longueville et Olivier Gascuel de l'Institut de Biologie Computationnelle du LIRMM (CNRS - Université de Montpellier).

Recette d'installation de machines pour le cours de phylogénie de l'Institut Pasteur. Les recettes sont basées sur Ansible et installent une série de logiciels spécialisés dans l'analyse de données phylogénétiques, ainsi que des éditeurs de texte et des navigateurs web.

Le projet eucalypt est un outil d'analyse et de visualisation de données phylogénétiques. Il permet de rechercher des solutions optimales pour la réconciliation d'arbres évolutifs, en prenant en compte les coûts de différents événements tels que les duplications, les pertes et les transferts horizontaux.

PRESTO est un outil de visualisation d'arbres phylogénétiques dédié à l'analyse de données génétiques dans le domaine de la biologie évolutive.

Omnicrobe Web est une application web permettant la gestion et l'analyse de données scientifiques sur les micro-organismes, offrant des fonctionnalités de recherche et de filtrage avancées ainsi que la visualisation d'arbres phylogénétiques.

Omnicrobe Web est une application web permettant la gestion et l'analyse de données scientifiques sur les micro-organismes, offrant des fonctionnalités de recherche et de filtrage avancées ainsi que la visualisation d'arbres phylogénétiques.

REQ est un programme en ligne de commande écrit en Java qui évalue le taux d'élémentaires quartets (REQ) pour chaque branche interne d'un arbre phylogénétique non enraciné à partir d'une matrice de distances. Il est utilisé pour l'analyse de données biologiques et la reconstruction d'arbres phylogénétiques.

Ce projet fournit le code et les données de l'article intitulé « Évolution du plissement cortical : une analyse comparative phylogénétique de l'IRM de 34 espèces de primates ».

Le projet hyrad-pipeline est un outil d'analyse de données génomiques permettant la construction d'arbres phylogénétiques. Il s'appuie sur un environnement virtuel créé avec conda et est exécuté en utilisant le fichier environment.yaml.